社伝によると771年(宝亀2年)に創祀されたとされています。鶴見岳の男嶽、女嶽の二峰を神格化した火男、火売の二神をお祀りしている社です。867年(貞観9年)1月20日に鶴見岳が噴火した際、朝廷から豊後国司への命で当社の神前で大般若経が読まれ、当社には噴火を鎮めた効により従五位上が授けられたとの記録があります。1276年(建治2年)には、九州各地を勧進していた一遍上人が立ち寄り、鶴見権現の導きにより「玖倍理湯の井」を鎮めて鉄輪温泉の石風呂(蒸し湯)を開いたとされ、別府八湯の守り神として信仰を集めています。